Após o término do incrivelmente popular MMORPG de realidade virtual "The World", uma nova versão do jogo - The World R: 2 - é disponibilizada online. Em seu primeiro dia no jogo, o novato Haseo acha que fez alguns amigos para procurar. No entanto, como se zombando de seus sentimentos, eles matam seu personagem apenas por diversão. Felizmente, ele é salvo por um misterioso jogador de um braço chamado Ovan, que se oferece para mostrá-lo ao redor do mundo. Ao lado de Ovan e seu amigo clérigo Shino, Haseo desfruta de um maravilhoso primeiro ano no jogo. Mas essa vida pacífica é destruída quando o personagem de Shino é morto por uma figura conhecida notoriamente conhecida como Tri-Edge, cujas vítimas caíram em coma no mundo real. Num acesso de raiva, Haseo promete encontrar o esquivo Tri-Edge e matá-lo. Acontecendo durante o primeiro ano de Haseo no mundo, .hack // Roots explora as amizades que o Haseo construiu no jogo antes que o Tri-Edge as roubasse. [Escrito por MAL Rewrite]
