Bakugan Battle Brawlers começa com Danma Kuusou, um garoto que inventou o jogo Bakugan com seu amigo Shun Kazami depois que cartas misteriosas e aparentemente aleatórias caíram do céu. Juntamente com seus outros amigos, eles formam um time chamado "Bakugan Battle Brawlers" para jogar esse novo jogo juntos. Mas desconhecido para esses jovens amigos, Bakugan é muito mais do que um simples tempo passado. O jogo deles acidentalmente os leva a uma dimensão alternativa chamada Vestroia, a terra natal de Bakugan. Vestroia foi recentemente atacado por criaturas conhecidas como Doom Beings. Esse reino é equilibrado pelo Núcleo Perfeito, que é formado pelos Núcleos Infinito e Silencioso. Quando o malvado Bakugan Naga tentou tomar esse grande poder, ele foi incapaz de absorver a energia negativa que desejava roubar e se viu preso no Núcleo Silencioso. Agora, sua presença dentro do núcleo desestabilizou Vestroia e tenta se fundir com a Terra e com muitos outros mundos. Danma e seus amigos devem se unir a indivíduos de outros mundos que também foram atraídos para essa batalha épica. Como Naga está buscando o Núcleo Infinito para que ele possa completar o Núcleo Perfeito, a fim de obter o controle de Vestroia, Terra e todos os outros mundos, o tempo é essencial nesta devastadora guerra de mundos.
